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INIZIO_TESTO_DA_INDICIZZARE

SCHEDA FIRB

italiano - english
Unità di Ricerca
  • FONDAZIONE TELETHON
    Laboratorio di Epigenetica presso Istituto Internazionale di Genetica e Biofisica CNR Napoli, NAPOLI (NA)
  • POLO ONCOLOGICO, ISTITUTO REGINA ELENA, IRCCS
    Dipartimento di Oncologia Sperimentale, ROMA (RM)
  • Universita' degli Studi di MODENA e REGGIO EMILIA
    Dip. BIOLOGIA ANIMALE, MILANO (MI)
  • ISTITUTO SCIENTIFICO H SAN RAFFAELE
    Laboratorio Biologia Molecolare dello Sviluppo, MILANO (MI)
FIRB simili:
Classificazione scientifico-disciplinare
Classificazione brevettuale
  • CHEMISTRY; METALLURGY
    • BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
      • MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES OR MICRO-ORGANISMS (immunoassay G01N33/53); COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
      • MICRO-ORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF (biocides, pest repellants or attractants, or plant growth regulators, containing micro-organisms, viruses, microbial fungi, enzymes, fermentates or substances produced by or extracted from micro-organisms or animal material A01N63/00; food compositions A21, A23; medicinal preparations A61K; chemical aspects of, or use of materials for, bandages, dressings, absorbent pads or surgical articles A61L; fertilisers C05); PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICRO-ORGANISMS (preservation of living parts of humans or animals A01N1/02); MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA (micro-biological testing media C12Q)
Classificazione geografica
Bibliografia
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Parole Chiave
Geni target; Trascrizione; Cromatina; Microarrays; Bioinformatica

Nuovi approcci integrati per l'identificazione di geni bersaglio
in genomi eucarioti

Fondazione Telethon
Abstract
L'identità e il destino delle cellule vengono decisi e mantenuti da combinazioni discrete di segnali intra e inter-cellulari che modificano stabilmente porzioni specifiche del genoma determinando lo stato trascrizionale attivo o represso dei geni. I fattori di trascrizione (TF) sono i messaggeri molecolari ultimi di questo processo. La comprensione di come i TFs controllano globalmente l'espressione genica presuppone la conoscenza del loro profilo di legame in vivo su tutto il genoma.
In generale l'assegnazione di funzione di un prodotto genico si basa normalmente sull'associazione tra mutazioni specifiche in un dato gene e un determinato fenotipo osservabile. La classificazione corrente di funzione basata sull'osservazione del fenotipo non soddisfa infatti automaticamente la domanda fondamentale: quali specifici pathways cellulari risultano difettivi e la cui de-regolazione conduce all'alterazione del programma genetico?". Perciò al fine di assegnare una funzione precisa ad un determinato TF rispetto al suo contesto, occorre identificare tutti i geni direttamente regolati da quel fattore. A questo scopo proponiamo di sviluppare un nuovo "punto di vista", definibile come di "post-Genetica" che partendo dall'identificazione di tutti i geni target e quindi dei pathways direttamente regolati da un determinato TF aiuti anche a produrre nuove basi critiche per una interpretazione del fenotipo su scala globale.
Proponiamo di combinare le tecnologie in vivo di>>>

Coordinatore Scientifico del Programma di Ricerca
VALERIO ORLANDO, FONDAZIONE TELETHON
Obiettivo del Finanziamento
Lo scopo di questa proposta è quello di attuare un grosso sforzo tecnologico verso il raggiungimento di una maggiore comprensione della funzione del genoma. In particolare, l'identificazione di tutti i geni bersaglio diretti e naturali di fattori trascrizionali (TF). La genetica identifica e classifica i geni sulla base dei fenotipi derivanti dalla perdita o dalla modificazione di quel particolare gene. Basandosi su questo criterio, i geni sono stati classificati come omeotici, della segmentazione, modellatori della cromatina, regolatori del ciclo cellulare etc. Comunque, puo' succedere che un gene classificato come "modellatore della cromatina" possa determinare un fenotipo omeotico così come possa determinare difetti nella regolazione del ciclo cellulare. Da tutto cio' nasce la domanda: come? La risposta potrebbe essere quasi ovvia, sebbene quello che non sappiamo al momento è proprio la conoscenza di come il prodotto di un dato gene controlli specifiche funzioni cellulari.
La nostra idea è di combinare una tecnica che permette l'identificazione in vivo virtualmente di tutti i geni bersaglio di un regolatore trascrizionale nel suo contesto naturale con "microarray" e tecnologie "in silico".
Nel dettaglio, useremo la tecnica dell'immunoprecipitazione della cromatina in vivo dopo trattamento con formaldeide (X-ChIP) in combinazione con i microarray (Orlando, 2000; Ren et al., 2000; Simon et al., 2001).
La formaldeide stabilizza i legami fra acidi>>>

Durata
36 mesi