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SCHEDA FIRB
italiano - english
Unità di Ricerca
- Universita' degli Studi di VERONA
SCIENTIFICO E TECNOLOGICO, VERONA (VR) - Universita' degli Studi di PAVIA
BIOCHIMICA, PAVIA (PV) - Universita' degli Studi del MOLISE
SCIENZE ANIMALI, VEGETALI E DELL'AMBIENTE, CAMPOBASSO (CB) - Universita' degli Studi di UDINE
MATEMATICA E INFORMATICA, UDINE (UD) - Universita' degli Studi di BARI
BIOCHIMICA E BIOLOGIA MOLECOLARE, BARI (BA) - Universita' degli Studi di TORINO
FISICA TEORICA, TORINO (TO) - Universita' degli Studi di MILANO
SCIENZE FARMACOLOGICHE, MILANO (MI) - Universita' degli Studi di MILANO
Fisiologia generale e chimica biologica, MILANO (MI) - Universita' degli Studi di NAPOLI "Federico II"
CHIMICA, NAPOLI (NA)
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- 4 - Sviluppo di Tecnologie Avanzate per lo Studio della Proteomica Differenziale del Segnale (Segnalo-Proteomica)
- 5 - Sviluppo di molecole innovative in grado di curare malattie neurodegenerative e neuroinfiammatorie.
- 6 - FOLDING E AGGREGAZIONE DI PROTEINE: METALLI E BIOMOLECOLE NELLE MALATTIE CONFORMAZIONALI
- 7 - Studio delle interazioni proteine-rame, proteine-proteine, proteine-acidi nucleici e proteine-lipidi a livello dei microdomini di membrana. Rilevanza per la comprensione delle "patologie da microdomini di membrana" come le malattie da prioni, la malattia di Alzheimer e le alterazioni del metabolismo lipidico.
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Classificazione scientifico-disciplinare
- Area scientifico disciplinare: Scienze chimiche
- Area scientifico disciplinare: Scienze biologiche
Classificazione brevettuale
- CHEMISTRY; METALLURGY
- ORGANIC CHEMISTRY (such compounds as the oxides, sulfides, or oxysulfides of carbon, cyanogen, phosgene, hydrocyanic acid or salts thereof C01; products obtained from layered base-exchange silicates by ion-exchange with organic compounds such as ammonium, phosphonium or sulfonium compounds or by intercalation of organic compounds C01B33/44; macromolecular compounds C08; dyes C09; fermentation products C12; fermentation or enzyme-using processes to synthesise a desired chemical compound or composition or to separate optical isomers from a racemic mixture C12P; production of organic compounds by electrolysis or electrophoresis C25B3/00, C25B7/00)
- PEPTIDES (peptides in foodstuffs A23; obtaining protein compositions for foodstuffs, working-up proteins for foodstuffs A23J; preparations for medicinal purposes A61K; peptides containing beta-lactam rings C07D; cyclic dipeptides not having in their molecule any other peptide link than those which form their ring, e.g. piperazine-2,5-diones, C07D; ergot alkaloids of the cyclic peptide type C07D519/02; macromolecular compounds having statistically distributed amino acid units in their molecules, i.e. when the preparation does not provide for a specific; but for a random sequence of the amino acid units, homopolyamides and block copolyamides derived from amino acids C08G69/00; macromolecular products derived from proteins C08H1/00; preparation of glue or gelatine C09H; single cell proteins, enzymes C12N; genetic engineering processes for obtaining peptides C12N15/00; compositions for measuring or testing processes involving enzymes C12Q; investigation or analysis of biological material G01N33/00)
- ORGANIC CHEMISTRY (such compounds as the oxides, sulfides, or oxysulfides of carbon, cyanogen, phosgene, hydrocyanic acid or salts thereof C01; products obtained from layered base-exchange silicates by ion-exchange with organic compounds such as ammonium, phosphonium or sulfonium compounds or by intercalation of organic compounds C01B33/44; macromolecular compounds C08; dyes C09; fermentation products C12; fermentation or enzyme-using processes to synthesise a desired chemical compound or composition or to separate optical isomers from a racemic mixture C12P; production of organic compounds by electrolysis or electrophoresis C25B3/00, C25B7/00)
Classificazione geografica
- Regione: Veneto
Bibliografia
(1) Möller, C., Allen, M., Elings, V., Engel, A. and Müller, D.J. (1999) Tapping mode atomic force microscopy produces faithful high-resolution images of protein surfaces. Biophys. J. 77, 1050-1058(2) Müller, D.J., Janovjak, H., Letho, T., Kuerschner, L. and Anderson, K. (2002) Observing structure, function and assembly of single proteins by AFM. Prog. Biophys. Mol. Biol. 79, 1-43.
(3) Carrion-Vasquez, M., Oberhauser, A. F., Fischer, T. E., Marszalek,P. E. Li, H. and Fernandez J. M. (2000) Mechanical design of proteins studied by single-molecule force spectroscopy and protein engineering. Prog. Biophys. Mol. Biol. 74, 63-91.
(4) Palmer, R. E., Pratontep, S. and Boyen, H.-G. (2003) Nanostructured surfaces from size-selected clusters. Nature Mat. 2, 443-448.New
(5) Dalvit, C., Ardini, E., Flocco, M., Fogliatto, G., Mongelli, N. and Veronesi, M. (2003). A general NMR method for rapid, efficient, and reliable biochemical screening. J. Am. Chem. Soc. 125, 14620-14625.
(6) Clote, P. and Backofen, R. (2002) Computational Molecular Biology: An Introduction. Wiley Series in Mathematical and Computational Biology. (John Wiley & Sons, New York).
(7) Friesner, R.A. (ed.) (2002) Computational Methods for Protein Folding, Advances in Chemical Physics, vol. 120 (John Wiley & Sons, New York).
(8) Abkevich, V. I., Gutin A. M. and Shaknovich, E. I. (1994) Free energy landscape for protein folding kinetics: Intermediates, traps, and multiple pathways in theory and lattice models simulations. J. Chem. Phys. 101, 6052-6062.
(9) Broglia , R. A. and Tiana, G. (2004) Lattice model of protein folding and of non-conventional drug design. J. Phys. Condens. Matter 16, R111-R144
(10) Betancourt, M.R. and Thirumalai, D. (1999) Pair potentials for protein folding: Choice of reference states and sensitivity of predicted native states to variations of interaction schemes. Protein Sci. 8, 361-369.
(11) Fogolari , F., Brigo, A. and Molinari, H. (2002) The Poisson-Boltzmann equation for biomolecular electrostatics: a tool for structural biology. J. Mol. Recognit. 15, 377-392.
(12) Akerstrom, B., Flower, D. and Salier , J.P., Lipocalins: Unity in diversity. Review. (2000) Biochim. Biophys. Acta 1482, 1-8.
(13) Urade, U. and Hayaishi, O. (2000). Prostaglandin D synthase: Structure and function. Vitam. Horm. 56, 89-120.
(14) Di Pietro, S.M., Córsico, B., Perduca, M., Monaco, H.L. and Santomè, J.A. (2003).Structural and biochemical characterization of toad liver fatty acid-binding protein. Biochemistry 42, 8192-8203.
(15) Peters, T. Jr. (1996) All about Albumin. Biochemistry, Genetics and Medical Applications. Acad. Press, San Diego.
(16) Sirtori, C.R., Calabresi, L. and Franceschini, G. (1999). Recombinant apolipoproteins for the treatment of vascular diseases. Atherosclerosis 142, 29-40.
(17) Borhani, D.W., Rogers, D.P., Engler, J.A. and Brouillette, C.G. (1997). Crystal structure of truncated human apolipoprotein A-I suggests a lipid-bound conformation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 12291-12296.
(18) Narayanaswami, V. and Ryan, R.O. (2000). Molecular basis of exchangeable apolipoprotein function. Biochim. Biophys. Acta 1483, 15-36.
(19) Yu, L-G, Fernig, D.G., Smith, J. A., Milton, J.D. and Rhodes, J. M. (1993). Reversible inhibition of proliferation of epithelial cell lines by Agaricus bisporus (edible mushroom) lectin. Cancer Res. 53, 4627-4632.
(20) Kilpatrick, D.C. (1999). Mechanisms and assessment of lectin-mediated mitogenesis. Mol. Biotechnol. 11, 55-65.
(21) Monzavi, R., and Cohen, P. (2002) IGFs and IGFBPs: Role in health and disease. Best Pract. Res. Clin. Endocrinol. Metab. 16, 433-47.
(22) Furstenberger, G. and Senn, H.J. (2002) Insulin-like growth factors and cancer. Lancet Oncol. 3, 298-302.
(23) D'Alessio, G., Di Donato, A., Mazzarella, L., and Piccoli, R. (1997). Seminal ribonuclease: The importance of diversity in ribonucleases: Structures and functions (D'Alessio, G. & Riordan, J. F., pp. 383-423, Academic Press, New York, N.Y.).
(24) De Lorenzo, C., Nigro, A., Piccoli, R. and D'Alessio, G. (2002) . A new RNase-based immunoconjugate selectively cytotoxic for ErbB2-overexpressing cells. FEBS Lett. 516, 208-12.
(25) Frillingos, S., Sahin-toth, M., Wu, J. and Kaback, H.R. (1998). Cys scanning mutagenesis: A novel approach to structure-function relationship in polytopic membrane proteins. FASEB J. 12, 1281-1299.
(26) Guastella, J., Nelson, N., Nelson, H., Czyzykk, L., Keynan, S., Miedel, M.C., Davidson, N., Lester, H.A. and Kanner, B.I. (1990). Cloning and espression of a rat brain GABA transporter. Science. 249, 1303-1306.
(27) Castagna, M., Shayakul, C., Trotti, D., Sacchi, V.F., Harvey, W.R. and Hediger, M.A. (1998). Cloning and characterization of a potassium-coupled amino acid transporter. Proc. Natl. Acc. Sci. USA. 95, 5395-5400.
(28) Amer, R.E. (2000) Inhibitors of mammalian central nervous system selective amino acid transporters, Curr.Med.Chem. 7, 199-209.
(29) Temussi, P. A., Masino, L. and Pastore, A (2003). From Alzheimer to Huntington: Why is a structural understanding so difficult? EMBO J. 22, 355-361.
(30) Hashimoto, M., Rockenstein, E., Crews, L. and Masliah, E. (2003) Role of protein aggregation in mitochondrial dysfunction and neurodegeneration in Alzheimer's and Parkinson's diseases, Neuromolecular Med. 4, 21-36.
(31) Crescenzi, O., Tomaselli, S., Guerrini, R., Salvadori, S., D'Ursi, A. M., Temussi, P. A. and Picone, D. (2002). Solution structure of the Alzheimer amyloid beta-peptide (1-42) in an apolar microenvironment: Similarity with a virus fusion domain. Eur. J. Biochem. 269, 5642-5648.
(32) Gulbins, E., Dreschers, S. and Bock, J. (2003) Role of mitochondria in apoptosis Exp. Physiol. 88, 85-90.
(33) Robert, J. and Jarry, C. (2003) Multidrugresistance reversal agents. J. Med. Chem., 46, 4805-4817.
(34) Belkin, M. and Schwartz, M. (1989) New biological phenomena associated with laser radiation. Health Phys. 56, 687-690.
(35) Bauer, S., Kemter, K., Bacher, A., Huber, R., Fischer, M. and Steinbacher, S. (2003) Crystal structure of S. pombe riboflavin kinase reveals a novel ATP and riboflavin-binding fold. J. Mol. Biol 326, 1463-1473.
(36) Gerdes ,S.Y., Scholle, M.D., D'Souza, M., Bernal, A. Baev, M.V., Farrell, M., Kurnasov, O.V., Daugherty, M.D., Mseeh, F., Polanuyer, B.M., Campbell, J.W., Anantha, S., Shatalin, K.Y., Chowdhury, S.A., Fonstein, M.Y. and Osterman A.L. (2002). From genetic footprinting to antimicrobial drug targets: examples in cofactor biosynthetic pathways. J. Bacteriol. 184, 4555-72.
(37) Decker, K. and Brandsch, R. (1991). Flavoproteins with a covalent histidyl(N3)-8 alpha-riboflavin linkage. Biofactors 3, 69-81.
(38) Mewies, M., McIntire, W.S. and Scrutton, N.S. (1998) Covalent attachment of flavin adenin dinucleotide (FAD) and flavin mononucleotide (FMN) to enzymes: the current states of affairs. Prot. Sci. 7, 7-20.
Parole Chiave
Microscopia a forza atomica (AFM); Cristallografia di proteine; NMR biomolecolare; Dinamica molecolare; Riconoscimento di biomolecole; Correlazioni struttura funzione nelle proteineIl riconoscimento molecolare nelle interazioni proteina-ligando, proteina-proteina e proteina superficie: sviluppo di approcci sperimentali e computazionali integrati per lo studio di sistemi di interesse farmaceutico
Università degli Studi di VeronaAbstract
Questo progetto di ricerca viene presentato in collaborazione da 9 gruppi provenienti da 8 diverse Università. La ragione che induce a riunire un così alto numero di ricercatori risiede nel fatto che, unendo la loro esperienza in diversi settori, è possibile intraprendere un approccio qualitativamente diverso e la problematica dei processi di riconoscimento molecolare può essere affrontata con maggiore successo da tutti i gruppi coinvolti.Tecniche quali la microscopia a forza atomica, la cristallografia ai raggi X, la risonanza magnetica nucleare (NMR), la spettrometria di massa, l'elettroforesi non convenzionale e il sequenziamento degli amino acidi saranno utilizzate per caratterizzare a livello molecolare e nel modo più dettagliato possibile una serie di proteine di interesse farmaceutico. Particolare rilevanza sarà data anche allo sviluppo di nuovi metodi computazionali che saranno applicati ai sistemi studiati sperimentalmente nei nostri laboratori. Le molecole da noi scelte sono state selezionate perché potenziali bersagli nella progettazione di nuovi farmaci. Così facendo, si intende lavorare per costruire una consolidata base scientifica che possa essere il punto di partenza nello sviluppo di nuovi composti di interesse farmaceutico. Un ragionevole numero di proteine differenti sarà oggetto di studio dal punto di vista strutturale da parte del più grande numero possibile dei 9 gruppi di ricerca (Unità operative). Riceverà anche molta attenzione lo studio>>>
Coordinatore Scientifico del Programma di Ricerca
Ugo Luigi MONACO, Universita' degli Studi di VERONAObiettivo del Finanziamento
I principali obbiettivi di questo programma di ricerca sono i seguenti:a) La creazione di un gruppo integrato di ricerca, geograficamente localizzato in differenti aree del Paese, con una rete di collaborazioni con qualificati centri di ricerca internazionali. In questo modo i 9 gruppi di ricerca condivideranno le loro diverse conoscenze metodologiche, dalla genomica ai più avanzati metodi computazionali.
b) Un progresso verso l'obiettivo comune a tutti i gruppi, cioé una conoscenza migliore e la possibilità di predire il comportamento di proteine con diversa complessità strutturale e funzionale, proteine che sono tutte bersagli promettenti nella progettazione di nuovi farmaci.
c) L'opportunità di una adeguata formazione scientifica per il maggior numero possibile di studenti di Dottorato e Post-dottorato, attraverso la loro partecipazione alle attività proposte.
Le tecniche che il gruppo può utilizzare sono le più importanti nella moderna analisi strutturale di macromolecole biologiche: la microscopia a forza atomica, la cristallografia ai raggi X, la risonanza magnetica nucleare (NMR), la spettrometria di massa, la spettroscopia UV e visibile, la mappatura di epitopi e altre tecniche immunologiche, l'elettroforesi avanzata e il sequenziamento chimico convenzionale, oltre a metodi computazionali molto potenti. Le proteine, selezionate sulla base della loro rilevanza come bersagli nella progettazione di nuovi farmaci, sono in tutti i casi gi>>>



