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SCHEDA FIRB

italiano - english
Unità di Ricerca
  • The Microsoft Research-University of Trento Centre for Computational and Systems Biology
Classificazione geografica

Computational tools for systems biology

Abstract
Il progetto svilupperà teorie e tecniche per la modellazione, analisi e simulazione di sistemi biologici complessi basate sulle algebre di processi. Sfrutterà le caratteristiche di composizionalità per ottenere strumenti scalabili e adattabili alla mole di dati che si vengono a produrre in biologia con strumenti high-throughput. Si inizierà definendo delle primitive di specifica che siano ispirate dalla biologia ed esaminando lo stato dell'arte dei data base pubblici che memorizzano le principali informazioni biologiche disponibili. Sulla base di quanto ottenuto proseguiremo definendo dei meccanismi di traduzione (semi-) automatica dei modelli SBML memorizzati nelle basi di dati in algebre di processo e svilupperemo prototipi per la loro simulazione e analisi. In questa fase verificheremo anche l'opportunità di influenzare standards per la rappresentazione della dinamica dei sistemi biologici. Infine ci confronteremo con laboratori sperimentali per acquisire direttamente i dati prodotti dagli esperimenti e per effettuare simulazioni di casi di studio reali al fine di sintonizzare le tecniche e gli strumenti proposti alla realtà biologica.

Coordinatore Scientifico del Programma di Ricerca
Corrado PRIAMI, The Microsoft Research-University of Trento Centre for Computational and Systems Biology
Obiettivo del Finanziamento
Gli obiettivi generali del Centre for Computational and Systems Biology sono:

1. avanzare lo stato della conoscenza dei sistemi biologi e dell’eziologia delle malattie attraverso la creazione del centro di ricerca che riunirà scienziati di diverse discipline per effettuare ricerche avanzate nel campo dei modelli computazionali per i sistemi biologici;
2. Parallelamente, condurre ricerche per definire nuovi paradigmi computazionali e di comunicazione che siano bio-mimetici, cioè basati su nuovi principi appresi dalla ricerca condotta sui sistemi biologici interpretati come sistemi di elaborazione delle informazioni;
3. stabilire collaborazioni con scienziati sperimentali sia a livello nazionale che internazionale per mantenere una stretta relazione con dati biologici reali;
4. utilizzare i risultati della ricerca. Questo dovrebbe avvenire attraverso lo sviluppo di nuovi strumenti computazionali per facilitare la modellazione predittiva dei sistemi e processi biologici, sia a livello di ricerca di base che applicata. Tali strumenti potrebbero essere di supporto alla ricerca di base per applicazioni come migliori terapie mediche e protezione ambientale;
5. divulgare e comunicare i risultati della ricerca per il beneficio della comunità scientifica globale sia attraverso pubblicazioni, conferenze e giornate di lavoro aperte a tutti, che fornendo gratuitamente accesso agli strumenti sviluppati dal Centro per scopi scientifici non>>>

Durata
36 mesi