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PROGRAMMA DI RICERCA 2005

italiano - english
Unità di Ricerca
Programmi di ricerca simili:
Classificazione scientifico-disciplinare
Classificazione brevettuale
Classificazione geografica
Bibliografia
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Parole Chiave
GENOMA DEI PESCI OSSEI; CITOGENETICA MOLECOLARE; MICRODISSEZIONE CROMOSOMICA LASER; DOP-PCR; ZOO-FISH; GISH; CHROMOSOME PAINTING

Evoluzione del genoma dei pesci ossei

Università Politecnica delle Marche
Abstract
I Pesci ossei, con le loro oltre 20.000 specie finora descritte, costituiscono di gran lunga il gruppo più diversificato di Vertebrati e rivestono un ruolo fondamentale per l’economia umana (pesca, acquacoltura). Essi hanno avuto una storia evolutiva lunga e complessa, nella quale le modificazioni a carico dell’organizzazione del genoma e della struttura del cariotipo sembrano avere giocato un ruolo cruciale. Con questo progetto di ricerca ci proponiamo di dare un contributo innovativo alle conoscenze sulla struttura genomica e cariotipica dei Pesci ossei. A tal fine intendiamo isolare, impiegando tecniche di microdissezione condotte con un apparato ad effettore laser (P.A.L.M., GmbH), alcuni cromosomi o parti di essi da metafasi mitotiche di specie selezionate da cinque gruppi tassonomici di questi Vertebrati (Acipenseriformes, Anguilliformes, Salmoniformes, Mugiliformes, Perciformes) e produrre sonde da utilizzare per ottenere “chromosome painting” in esperimenti di ZOO-FISH. Ci proponiamo inoltre di costruire librerie cromosoma-specifiche mediante il DNA isolato tramite microdissezione. In tal modo sarà possibile studiare l’organizzazione di singoli cromosomi e identificare gruppi di sintenia genica, determinarne la conservatività e valutare i riarrangiamenti avvenuti, in taxa più o meno correlati, nel corso dell’evoluzione. Tali metodiche, scarsamente applicate nei pesci, sono state già ampiamente impiegate con successo nei Mammiferi >>>

Coordinatore Scientifico del Programma di Ricerca
Ettore OLMO Università Politecnica delle MARCHE
Obiettivo del Programma di Ricerca
Studio della composizione e dell’organizzazione del genoma in alcune linee filetiche di Pesci ossei (Acipenseriformi, Anguilliformi, Salmoniformi, Mugiliformi, Perciformi) con particolare riguardo a:

1. produzione di sonde per esperimenti di “chromosome painting” tramite microdissezione di cromosomi, successiva amplificazione del DNA cromosomico mediante la tecnica di DOP-PCR (Degenerate Oligonucleotide-Primed PCR) e costruzione di librerie di DNA cromosoma-specifiche;

2. individuazione di sintenie cromosomiche e valutazione del loro grado di conservazione in differenti taxa;

3. individuazione degli eventi che hanno dato origine alla poliploidia di alcuni genomi;

4. origine e differenziamento dei cromosomi sessuali;

5. ruolo di particolari sequenze di DNA (satellite, trasposoni, etc.) nei riarrangiamenti cromosomici;

6. individuazione di marcatori cromosomici utili per la caratterizzazione di popolazioni e/o specie di rilevante interesse economico e/o conservazionistico.

Durata
24 mesi
Base di partenza scientifica nazionale o internazionale
I Pesci ossei, con le loro oltre 20.000 specie finora descritte, costituiscono di gran lunga il gruppo più diversificato di Vertebrati (Nelson, 1994) e rivestono un ruolo fondamentale per l’economia umana (pesca, acquacoltura). Essi hanno avuto una storia evolutiva lunga e complessa, nella quale le modificazioni a carico dell’organizzazione del genoma e della struttura del cariotipo sembrano avere giocato un ruolo cruciale (Venkatesh, 2003). Ciò giustifica il notevole interesse scientifico per lo studio del genoma di questi Vertebrati, che ha portato recentemente al sequenziamento completo del genoma di un pesce palla (Fugu ribripes), che è il secondo Vertebrato dopo l’uomo di cui sia stato sequenziato l’intero genoma (Aparicio et al., 2002); di altre specie (Tetraodon nigroviridis, Danio rerio e Oryzas latipes) l’analisi è in via di completamento (cfr. Roest Crollius et al., 2000). Queste indagini si stanno rivelando molto utili sia per comprendere l’evoluzione di specifiche sequenze geniche, sia per analizzare la presenza, le variazioni quantitative e l’eventuale ruolo di sequenze “non geniche” quali trasposoni, DNA satelliti etc. (cfr. Capriglione, 2000; Canapa et al., 2002; Gruetzner et al., 2002; Venkatesh, 2003). Dal punto di vista applicativo, la caratterizzazione di marcatori genomici si è rivelata un fondamentale strumento per la gestione di popolazioni ittiche sfruttate dall’industria della pesca o in >>>