Vai al contenuto| Home page|

   Ti trovi in: HOME »Programmi, progetti e risultati »I progetti »PRIN - Programmi di ricerca di Rilevante Interesse Nazionale»Programma di ricerca
INIZIO_TESTO_DA_INDICIZZARE

PROGRAMMA DI RICERCA 2005

italiano - english
Unità di Ricerca
Programmi di ricerca simili:
Classificazione scientifico-disciplinare
Classificazione brevettuale
  • CHEMISTRY; METALLURGY
  • PHYSICS
    • MEASURING (counting G06M); TESTING
      • INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES (separating components of materials in general B01D, B01J, B03, B07; apparatus fully provided for in a single other subclass, see the relevant subclass e.g. B01L; measuring or testing processes other than immunoassay, involving enzymes or micro-organisms C12M, C12Q; investigation of foundation soil in situ E02D1/00; sensing humidity changes for compensating measurements of other variables or for compensating readings of instruments for variations in humidity, see G01D or the relevant subclass for the variable measured; testing or determining the properties of structures G01M; measuring or investigating electric or magnetic properties of materials G01R; systems or methods in general, using reception or emission of radiowaves or other waves and based on propagation effects, e.g. Doppler effect, propagation time, direction of propagation, G01S; determining sensivity, graininess, or density of photographic materials G03C5/02; testing component parts of nuclear reactors G21C17/00; [N: controlling or regulating non-electric variables G05D; measuring degree of ionisation of ionised gases, i.e. plasma H05H1/00A; testing electrographic developer properties G03G15/08H6])
Classificazione geografica
Bibliografia
Akey J.M. et al., 2002 Genome Res. 12:1805–1814
Allard R. A. 1975. Genetics 79: 115-126
Alpert K.B. and S.D. Tanksley 1996. PNAS. 93:15503-15507.
Alvarez M.T. et al 1998. Genet. Res. Crop Evol. 45: 243-251.
Angius A. et al 2001. Hum. Genet. 111:9-15.
Arnold T. et al 2004. Genetics 168: 435–446
Baer C. 1999. Genetics 152:653-659.
Beaumont M. A. and D. J. Balding 2004. Mol. Ecol. 13:969–980.
Beaumont M. A. and R. A. Nichols 1996. Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 263:1619–1626.
Burke et al 2002. Genetics 1257-1267.
W. J. Broughton et al. 2003. Plant and Soil 252: 55–128. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, the Netherlands.
Caicedo A.L. et al 2004. PNAS 101: 15670-15675
Campbell D. and L. Bernatchez. 2004. Mol. Biol. Evol. 21:945–956.
Cavalli-Sforza, L. L., 1966. Proc. R. Soc. Lond. Ser. B 164:362-379
Charlesworth B. et al 1993. Genetics 134:1289-1303.
Charlesworth B. et al 1997 Genet. Res. 70:155-174.
Cockerham C. C. and B. S. Weir. 1993. Evolution 47:855–863.
Darvasi A. et al 1993. Genetics 134:943-951.
Delgado Salinas A. et al 1988. In: Gepts P (ed.), Genetic resources of Phaseolus beans. Kluwer, Dordrecht, the Netherlands: pp. 163-184.
Doebley J. et al. 1990 PNAS 87: 9888–9892.
Freyre R. et al. 1998. TAG 97:847-856
Fu H. et al. 2002. PNAS. 99:1082-1087.
Fullerton, S.M. et al. 2002. Am. J. Hum. Genet. 70: 1096–1106.
Wilson G.A. and Rannala B. 2003. Genetics 163: 1177-1191.
Gepts P. Bliss F.A. 1988. Econ. Bot. 42:86-104.
Gepts P. T.C. Osborne K. Rashka and F.A. Bliss 1986. Econ. Bot. 40: 451-468.
Gepts P. 1996. In: B. Pickersgill and J.M. Lock editors. Advance in legume Systematics 8: Legume of economic importance. pp65-74. Royal Botanic Garden Kew.
Gepts P. 1998. Hort Science 33: 1121-1130
Gepts P. and Papa R. 2002. Evolution during domestication In: Encyclopedia of Life Sciences.1:7 LONDON Macmillan Pub Ltd
Gaitán-Solísa E., Duquea M. C., Edwardsb K. J. and Tohme J. 2002 Crop Science 42:2128-2136.
Garnier-Gere P. and Dillmann C. 1992 J. Heredity 83:239
Gepts P. Bliss F.A. 1988. Econ. Bot. 42:86-104.
Gepts P. T.C. Osborne K. Rashka and F.A. Bliss 1986. Econ. Bot. 40: 451-468.
Goldstein D.B. M.E. Weale 2001. Curr. Biol. 11:576-579.
Grandillo S. and Tanksley S.D. 1996. TAG 92: 935–951.
Guerra-Sanz M.2004 Plant Breeding 123:87-89.
Guo, S. W. and E. A. Thompson 1992. Biometrics 48:361–372.
Hardy, O. J., and X. Vekemans. 2002. Mol. Ecol. Notes 2:618–620.
Hardy, O. J., N. Charbonnel, H. Fre´ville, and M. Heuertz. 2003. Genetics 163:1467–1482.
Hedrick 1987 Genetics, 117:331-341.
Huttley et al1999 Genetics 152:1711-1722.
Kaplan N.L. et al. 1995. Am. J. Hum. Genet. 56:18-32.
Kayser M. et al. 2003. Mol. Biol. Evol. 20:893–900
Kauer M. O. et al. 2003. Genetics 165:1137–1148.
Kohn M. et al. 2000. PNAS 97:7911-7915.
Koinange E.M.K. et al. P. 1996. Crop Science 36: 1037– 1045.
Kruglyak L. 1999. Nat. Genet. 22: 139-144
Lai C. et al. 1994 Science 266: 1697-1702.
Lander, E. S., et al. 1987 Genomics 1:185-199.
Lewontin R. C. and J. Krakauer 1973. Genetics 74:175-195.
Lewontin R. C. and J. Krakauer, 1975. Genetics 80:397-398
Lin J. et al. 2002. Genetics: 2007-2015
Long A.D. et al. 1995. Genetics 139:1273-1291.
Luikart G. et al. 2003. Rev. Genet. 4:981–994.
Luo Z.W and C. Wu Genetics 158: 1785–1800 2001
Mackay T.F.C. 2001. Nat. Rev. Genet. 2:11-20.
Maynard Smith, J. and J. Haigh. 1974. Genet. Res. 23:23–35.
Mather, K. and J.L. Jinks, 1982. Biometrical Genetics
Meuwissen, T. H. E., and M. E. Goddard, 2000. Genetics 155: 421–430,
Nei, M. 1978. Genetics 89:583– 590.
Nordborg M. 2000. Genetics 154: 923-929
Nordborg M. et al. 2002. Nature Genetics 3:190-193
Papa R. and Gepts P. 2003. TAG 106:239-250
Poncet V. et al. 2000. TAG 100: 147–159.
Poncet V. et al. 1998. Heredity 81: 648–658.
Pritchard J.K., M. Stepphens, P. Donnelly (2002). Genetics, 155: 945-959.
Ranalla, B. JL Mountain. 1997. PNAS 94: 9197-9201.
Reich D.E. et al. 2001. Nature 411: 199-204.
Remington D.L. et al. 2001. PNAS. 98:11479-11484.
Schlotterer, C. 2002a. Genetics 160:753– 763.
Schlotterer, C. 2002b. Curr. Opin. Genet. Dev. 12:683–687.
Schneider. T.D. 2000. Nucleic Acids Res. 28 (14): 2794-2799.
Scotti-Saintagne C. et al. 2004. Genetics 168:1615–1626.
Slatkin M. 1999. Am. J. Hum. Genet. 64: 1765-1773.
Storz, J. F. 2005. Mol. Ecol. (in press).
Storz J. F. et al. 2004. Mol. Biol. Evol. 21:1800–1811.
Stuber C.W. et al. 1999. Crop. Sci. 39:1571-1583.
Stumpf M.P.H. 2002 TRENDS in Genetics 18 .5 226-228
Tanskley S.D. 1993. Annu. Rev. Genet. 27:205-233.
Templeton A.R. 1999. Annu. Rev. Ecol. Syst. 30:23-49.
Tenaillon M.I. et al. 2001 PNAS. 98:9161-9166.
Thornsberry J.M. et al. 2001 Nature Genetics 28(3):286-9
Tian D. et al. 2002 PNAS. 20:11525-11530.
Vallejos C. E. et al. 1992 Genetics 131, 733-740,
Vigouroux Y. et al. 2002. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:9650–9655.
Vigouroux Y. et al. 2002. Mol Biol Evol. 19:1251-1260.
Vigouroux Y. et al. 2005 Genetics 169: 1617–1630
Vitalis R. et al. 2001 Genetics 158: 1811–1823
Vitalis R. et al. 2003. J. Hered. 94:429–431
Wang R.L. et al. 1999. Nature 398: 236–239.
Weir B. S. and C. C. Cockerham 1973. Genet. Res. 21: 247-262
Weir B. S. and C. C. Cockerham 1984. Evolution 38:1358– 1370.
Wiehe T. 1998. Theor. Popul. Biol. 53:272–283.
Wilding C. S. et al. 2001. J. Evol. Biol. 14:611–619
Wright S. 1951 Annal of Eugenics 15: 323-354
Wu R.L. et al., 2002 Genetics 160: 779–792
Wu R.L. et al. 2000 Plant Breed. Rev. 19:41-68.
Xiong L et al. 1999 TAG 98:243-251.
Yu K., Park S.J., Poysa V. 1999 Genome 42:27-34.
Yu K., Park S.J., Poysa V., Gepts P. 2000 J. Hered. 91:429-434.
Zhu, Y.L. et al. 2003 Genetics 163, 1123–1134
Parole Chiave
PHASEOLUS VULGARIS; GENETICA DI POPOLAZIONE; DOMESTICAZIONE; RISORSE GENETICHE; DIVERSITÀ GENETICA; MARCATORI MOLECOLARI; MAPPE GENETICHE; GENOMICA DI POPOLAZIONE; GENETICA AGRARIA

Analisi della struttura genetica e del linkage disequilibrium in popolazioni domesticate e selvatiche di Phaseolus vulgaris L.

Università Politecnica delle Marche
Abstract
L'analisi del Linkage disequilibrium (LD), già applicata nelle popolazioni umane per l'identificazione di geni legati a malattie genetiche, è stata estesa di recente anche a specie vegetali quali mais, Arabidopsis, soia, orzo e riso. Finora, sono stati proposti due approcci: a) l'"association mapping" che utilizza il LD fra varianti molecolari e fenotipo, e b) lo "scan for the signature of selection" che si fonda sulla presenza di regioni genomiche che mostrano deviazioni nel pattern di differenziazione fra popolazioni e/o nel livello di LD rispetto a quanto atteso nell'ipotesi di neutralità selettiva. Tali analisi sono state condotte sia a livello dell'intero genoma che di singoli geni candidati. Nel caso di specie prevalentemente autogame, poiché è prevedibile un LD elevato, è da ritenersi preferibile l'analisi a livello dell'intero genoma. Per evitare l'identificazione di associazioni spurie è però indispensabile l'analisi preventiva della struttura e della "population admixture". Poiché popolazioni della stessa specie, con differente dimensione effettiva o storia evolutiva, possono mostrare diversi livelli di LD, è molto importante anche determinare l'entità del LD in funzione della distanza tra marcatori e l'influenza dei diversi background genetici sul grado di risoluzione del sistema utilizzato per determinare l'associazione tra marcatori molecolari e caratteri di interesse. Il presente progetto si propone di analizzare, a livello dell'intero genoma, la struttura >>>

Coordinatore Scientifico del Programma di Ricerca
Roberto PAPA Università Politecnica delle MARCHE
Obiettivo del Programma di Ricerca
In questo programma di ricerca sarà valutata, con diverse strategie, l'efficacia dell'analisi del LD in P. vulgaris e saranno identificate le regioni genomiche di maggiore interesse per gli scopi del miglioramento genetico. Questi obiettivi generali potranno essere raggiunti nel modo seguente:

1STIMARE E CONFRONTARE IL LIVELLO DEL LD IN 6 CAMPIONI DI P. VULGARIS RAPPRESENTATIVI DEI DUE POOL GENICI MESOAMERICANO E ANDINO COMPRENDENTI GENOTIPI SELVATICI E DOMESTICATI AMERICANI ED EUROPEI. (Fig. 1). Questi campioni posseggono una diversa storia evolutiva e diversi background genetici. E' atteso che tra questi campioni il livello di LD sia variabile a causa della diversa scala temporale nella quale la ricombinazione ha operato e della riduzione di diversità genetica, dovuta a deriva genetica e selezione, avvenuta prima per effetto della domesticazione della specie e poi della introduzione e diffusione in Europa. Differenze nel grado di LD tra popolazioni possono essere molto utili nell'individuazione di associazioni tra marcatori molecolari e caratteri di interesse. Con basso LD, infatti, è possibile ottenere una alta risoluzione e viceversa.
2) ANALIZZARE LA STRUTTURA E L'EVOLUZIONE DELLA DIVERSITA' GENETICA IN DIVERSE REGIONI GENOMICHE DI P. VULGARIS. Sarà possibile confrontare i risultati sul LD e sulla struttura della diversità enetica entro e fra le popolazioni con le informazioni (già disponibili sulla mappa di consenso che verrà utilizzata per >>>

Durata
24 mesi
Base di partenza scientifica nazionale o internazionale
Il linkage disequilibrium (LD) è l'associazione non casuale degli alleli a due o più loci. La presenza del LD nelle popolazioni naturali e domesticate è principalmente dovuta al tasso effettivo di ricombinazione, al sistema riproduttivo e alla dimensione della popolazione. Deriva genetica, hitchhiking e selezione epistatica favoriscono il mantenimento di elevati livelli di LD. Il LD è oggetto di numerose ricerche in genetica umana con l'obiettivo di identificare geni legati a malattie genetiche. Di recente, studi sul LD hanno coinvolto specie di interesse agrario come il mais (Remington et al 2001; Thornsberry et al 2001; Vigouroux et al 2003), l'orzo (Lin et al 2002; Arnold et al 2004; Morrell et al 2004) e la soia (Zhu et al. 2003) e specie vegetali modello come Arabidopsis thaliana (Nordborg et al 2002; Tian et al 2002; Caicedo et al 2004). Gli studi sul LD forniscono la possibilità di identificare, con un'alta risoluzione, varianti geniche che potrebbero contribuire alla variazione fenotipica. Questi studi hanno un elevato potenziale per identificare i geni di interesse (Lai et al 1994; Slatkin 1999), ma la loro risoluzione dipende dalla struttura del LD sul genoma ed è in genere determinata dalla storia della ricombinazione tra i polimorfismi. L'autofecondazione, riducendo la frequenza degli eterozigoti, riduce il tasso effettivo di ricombinazione e quindi favorisce la formazione di un LD stabile o temponareo. In un sistema riproduttivo misto, l'autofecondazione >>>