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PROGRAMMA DI RICERCA 2006

italiano - english
Unità di Ricerca
Programmi di ricerca simili:
Classificazione scientifico-disciplinare
Classificazione brevettuale
Classificazione geografica
Bibliografia
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Parole Chiave
FRUTTI DELLE ROSACEE, MATURAZIONE, QUALITÀ, GENOMICA COMPARATA E FUNZIONALE, MAPPE DI FUNZIONE, TRASCRITTOMA, METABOLISMO SECONDARIO, MARCATORI MOLECOLARI

Un approccio integrato di genomica comparata per lo studio della maturazione e delle basi biologiche della qualità dei frutti delle Rosacee

Università degli Studi di Padova
Abstract
Nell'ambito della famiglia delle Rosacee sono presenti alcune specie frutticole, tra cui pesco e fragola, di cui l'Italia è tra i paesi produttori leader a livello mondiale. La possibilità di migliorare, in senso lato, tali produzioni risiede anche nella delucidazione dei meccanismi di base che regolano la crescita e lo sviluppo del frutto e l'acquisizione e il mantenimento dei caratteri qualitativi. Per cogliere questi obiettivi, lo studio del genoma a livello strutturale e funzionale rappresenta una tappa fondamentale che può essere raggiunta attraverso diversi approcci (oltre, ovviamente, al sequenziamento dell'intero genoma). Il progetto proposto prevede l'allestimento di nuove mappe molecolari prendendo come riferimento il genere Fragaria nel cui ambito è presente la F. vesca, specie selvatica diploide dal genoma particolarmente piccolo e facilmente incrociabile con altre specie, quindi fonte di polimorfismi. I recenti sviluppi nel campo della genomica funzionale hanno permesso di individuare marcatori molecolari (SNP, SSR, COS) derivanti da sequenze di geni espressi (EST). Gli obiettivi che ci si prefigge di raggiungere saranno il risultato della collaborazione di cinque Unità Operative già coinvolte in studi di genomica strutturale e funzionale nell'ambito del Consorzio ESTree dove è stato allestito un database di EST di pesco e messo a punto il primo microarray per questa specie. Considerando la disponibilità di database di EST in pesco >>>

Coordinatore Scientifico del Programma di Ricerca
Pietro Tonutti Università degli Studi di PADOVA
Obiettivo del Programma di Ricerca
Attraverso una articolazione coordinata delle attività da svolgersi, a cura delle diverse UUOO, e nell’ambito di specifici Work Packages (WP), così come riportati nel punto 2.3 (“Descrizione del Programma”), il presente progetto di ricerca si propone di raggiungere, nell'arco dei 24 mesi previsti, i seguenti obiettivi generali:

- Caratterizzazione molecolare e fenotipica di accessioni e specie dipolidi appartenenti al genere Fragaria
- Costruzione di una struttura di mappa utilizzando marcatori molecolari di tipo microsatellite in Fragaria vesca
- Mappatura funzionale di microsatelliti derivati da sequenze EST (Expressed Sequence Tags) di Fragaria, di pesco e di altre specie di Rosacee
- Implementazione della collezione di EST di pesco e del database già disponibile presso il Consorzio ESTree.
- Analisi delle variazioni del trascrittoma nel corso della maturazione dei frutti, individuazione e caratterizzazione di geni o famiglie geniche che codificano per fattori di trascrizione o coinvolti nella modulazione di alcuni parametri qualitativi (aroma e metabolismo dei carboidrati e dei composti fenolici).
- Analisi funzionali e studio comparato di alcuni di tali geni e della modulazione della loro trascrizione in pesca e fragola (in comparazione anche, quando ritenuto utile, con altre specie).
- Mappatura funzionale di geni e famiglie geniche putativamente coinvolti nella determinazione dei tratti qualitativi >>>

Durata
24 mesi
Base di partenza scientifica nazionale o internazionale
Il completamento della sequenza del genoma in Arabidopsis e riso e gli sforzi indirizzati verso il sequenziamento del genoma di altre importanti specie agrarie rappresentano una straordinaria opportunità per lo studio della struttura e dell’evoluzione dei genomi vegetali. Per questo tipo di studio,i marcatori molecolari sono estremamente importanti e mappe di associazione basate su markers molecolari sono state messe a punto in molte specie. Per quanto riguarda lo studio del genoma di specie frutticole appartenenti alla importante famiglia delle Rosacee, esistono alcuni progetti di genomica comparativa tra specie della sotto-famiglia delle Prunoidee, ma le relazioni di sintenia tra specie di questa famiglia o fra Rosacee e specie di altre famiglie, sono ancora scarsamente comprese. Nell’ambito della tematica riguardante la sintenia tra i genomi di Rosacee, i primi risultati sono stati ottenuti in un progetto coordinato a livello europeo (Arus et al., 1994). Attualmente sono disponibili molte mappe per il genere Prunus, basate su incroci intra o interspecifici, realizzate con l’uso di diversi tipi di marcatori. Alcune di queste sono state prodotte in pesco (Dirlewanger et al., 1998), in mandorlo (Ballester et al.,1998) ed altre in incroci tra pesco e mandorlo (Joobeur et al., 1998) e mandorlo e pesco (Bliss et al., 2002) e tra pesco e varietà correlate (Dirlewanger et al., 1998). Recentemente sono stati prodotti studi volti alla comprensione dell’allineamento tra i genomi del >>>