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RAZIONALE: Il riscontro di un’ alterazione nella risposta infiammatoria, nel senso di una mancata attivazione ma anche di una mancata inibizione del fattore NF-kB, in presenza di specifici agenti batterici, è la base su cui si fonda lo studio volto ad identificare e caratterizzare i meccanismi infiammatori alla base della malattia di Crohn. La disregolazione della risposta infiammatoria locale potrebbe difatti render conto del quadro clinico della malattia di Crohn con le sue varianti fenotipiche e più in generale delle malattie infiammatorie croniche intestinali; è noto infatti un overlapping tra malattia di Crohn e Rettocolite Ulcerosa per il cromosoma 7q. Tutto ciò rende i geni codificanti i mediatori dell’infiammazione degli ottimi candidati per lo studio di suscettibilità allo sviluppo della malattia infiammatoria cronica intestinale con le sue varianti cliniche. Obiettivo primario Effettuare una analisi di polimorfismi (SNPs) dei geni che codificano alcuni dei mediatori dell’infiammazione e delle molecole di adesione coinvolte nella perpetuazione del processo infiammatorio, allo scopo di definire un pattern specifico di suscettibilità per lo sviluppo della malattia di Crohn e dei meccanismi che regolano il determinarsi dei diversi tipi di lesione. Obiettivo secondario Verificare eventuali correlazioni fra pattern di espressione del cluster di geni che codificano per mediatori dell’infiammazione varianti fenotipiche della malattia di Crohn Una tale caratterizzazione potrebbe permettere di identificare indici subclinici in grado identificare, alla diagnosi, il pattern prevalente di malattia di Crohn e conseguentemente ad un più appropriato e tempestivo trattamento dei sintomi e complicanze della malattia. Protocollo di studio Lo studio prevede la genotipizzazione dei casi CD e dei casi-controllo per gli SNP relativi ai geni di seguito riportati con particolare attenzione a quelli localizzati sul locus IBD5, riconosciuto come “cytokine gene cluster” che è già stato dimostrato conferire suscettibilità a sviluppare la malattia di Crohn. La ricerca si sviluppa in relazione alla disponibilità di un kit (Roche Molecular System, RMS) per supportare la ricerca sulle malattie infiammatorie. Il protocollo prevede la caratterizzazione genotipica biallelica per un Kit di geni codificanti per fattori che intervengono nella sequenza della risposta immunoinfiammatoria. I geni di seguito elencati verranno analizzati nel nostro studio: LOCUS CHROM POSITION SNP Aa Genbank Access # 1-1 IL4 5q23-q31 C582T (-590) M23442.1 1-2 IL4R 16p11.2-p12.1 A398G I75V X52425.1 1-3 IL4R 16p11.2-p12.1 T1682C S503P X52425.1 1-4 IL4R 16p11.2-p12.1 A1902G Q576R X52425.1 1-5 IL13 5q31 C4045T (intron 3) U10307.1 1-6 ADRB2 5q31-q32 A1633G R16G M15169.1 1-7 ADRB2 5q31-q32 C1666G Q27E M15169.1 1-8 ADRB2 5q31-q32 C2078T T164I M15169.1 1-9 ICAM1 19p13.2 A120T K56M X59287.1 1-10 ICAM1 19p13.2 G657A G241R X59288.1 1-11 VCAM1 1p32-p31 T707C (-1594) M92431.1 1-12 SELE 1q22-q25 A153C S128R M61888.1 1-13 SELP 1q21-24 G40A S330N M60225.1 1-14 SELP 1q21-24 G75271T V640L AL022146.1 1-15 FCERB1 11q13 A7297G E237G M89796.1 1-16 CD14 5q22-32 C2232T (-260) X74984.1 1-17 UGB 11q11-qter G587A (+38) U01102.1 1-18 TGFB1 19q13.1 C629T (-509) X05839.1 1-19 SCYA11 17q21.1-q21.2 G361A A23T U46572.1 1-20 CCR2 3p21 G46295A V62I U95626.1 1-21 CCR3 3p21.3 C320T P39L U51241.1 1-22 CCR5 3p21 wt580-611 Del U57840.1 1-23 CCR5 3p21 G59029A (-2454) U95626.1 1-24 TCF7 5q31 C883A P19T X63901.1 1-25 TCF7 5q31.1 A383T (-1459) AF163776.1 2-1 IL9 5q31-q35 C4244T T113M M86593.1 2-2 IL1A 2q12-q21 T549C (-889) X03833.1 2-3 IL1B 2q14 C1423T (-1418) X04500.1 2-4 IL1B 2q14 C4336T F105F M15840.1 2-5 IL5RA 3p26-p24 G482A (-80) U18373.1 2-6 IL6 7p21-p15 G589C (-572) Y00081.1 2-7 IL6 7p21-p15 G987C (-174) Y00081.1 2-8 IL10 1q31-q32 C8700A (-571) X78437.2 2-9 C3 19p13.3-p13.2 C364G R102G NM_000064.1 2-10 C5 9q32-q34 A2416G I802V NM_001735.1 2-11 CSF2 5q31.1 T2600C I117T X03021.1 2-12 CTLA4 2q33 C875T (-318) M74363.1 2-13 CTLA4 2q33 A1241G T17A M74363.1 2-14 LTC4S 5q35 A620C (-444) U62025.1 2-15 NOS2A 17q11.2-q12 C231T D346D X85767.1 2-16 NOS3 7q35-q36 A498G (-948) D26607.1 2-17 NOS3 7q35-q36 G7002T E298D D26607.1 2-18 SCYA11 17q21.1-q21.2 G1169A (-1328) Z92709.1 2-19 SDF1 10q11.1 G880A (+800) L36033.1 2-20 LTA 6p21.3 A1069G (intron A) M16441.1 2-21 TNF 6p21.3 G3787A (-308) M16441.1 2-22 TNF 6p21.3 G3857A (-238) M16441.1 2-23 VDR 12q13.1 T12022C M1T AC004466.1 2-24 VDR 12q13.1 G45082A (intron 8) AC004466.1 2-25 GC 4q12-q13 G35706T E416D L10641.1 2-25 GC 4q12-q13 C35717A T420K L10641.1 Per alcuni di tali geni lo studio dei topi knockout ha fornito ulteriori dati a supporto del possibile coinvolgimento nella patogenesi della malattia di Crohn nell’uomo, in particolare lo studio di alcuni geni membri di proteine appartenenti a famiglie di recettori di adesione. La tecnica prevede uno step di amplificazione mediante PCR , successiva ibridazione su strip e successiva caratterizzazione genotipica mediante appositi programmi di analisi. A questo scopo, la analisi di SNPS di geni codificanti per mediatori dell’infiammazione e di molecole di adesione verrà effettuata in pazienti con malattia di Crohn e, come controlli, in pazienti affetti da Rettocolite Ulcerosa e controlli non-IBD. I pazienti affetti da malattia di Crohn, Rettocolite Ulcerosa e controlli non-IBD saranno reclutati nell’ambito dei pazienti e controlli in follow up regolare presso gli ambulatori ed il Reparto di Gastroenterologia ed Endoscopia Digestiva del Policlinico Universitario “Tor Vergata” di Roma. Di tutti i pazienti IBD e controlli saranno a disposizione dati clinici relativi alla diagnosi e risposta a terapie specifiche. La diagnosi di IBD o, nel caso dei controlli non-IBD, la esclusione di IBD sarà stata verificata mediante esami endoscopici, istologici e radiologici convenzionali. Risultati attesi Al termine dello studio genotipico verrà verificata l’ipotesi di partenza che l’analisi di polimorfismi (SNPs) dei geni che codificano alcuni dei mediatori dell’infiammazione e delle molecole di adesione coinvolte nella perpetuazione del processo infiammatorio, possa definire un pattern specifico di suscettibilità per lo sviluppo della malattia di Crohn.
