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UNITA' DI RICERCA
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Bibliografia
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Programma di ricerca
Evoluzione del genoma dei pesci osseiUniversità di riferimento
Università degli Studi di CAGLIARI - BIOLOGIA ANIMALE ED ECOLOGIA - CAGLIARI(CA)Responsabile dell'Unità di ricerca
Anna Maria DEIANADescrizione
L'unità di Ricerca si propone i seguenti obiettivi:1) approfondire la caratterizzazione citogenetica e molecolare degli anguilliformi mediante l'analisi di specie appartenenti alla famiglia Ophichthidae e Muraenidae e la realizzazione del cariotipo standard e dell' ideogramma di Anguilla anguilla;
2) individuare marcatori cromosomici nel genoma di Anguilla anguilla, da utilizzare per uno studio comparativo con altre specie di Anguilliformi.
Il progetto sarà articolato in due fasi:
1) nella prima fase si intendono studiare Ophisurus serpens e Dalophis imberbis (Ophichthidae) e Gymnothorax tile (Muraenidae). La caratterizzazione citogenetica di queste specie verrà effettuata mediante allestimento di colture di sangue e tecniche di bandeggio C, AgNOR, colorazione con fluorocromi (CMA3 e DAPI) e ibridazione in situ in fluorescenza (FISH) con sonde di DNA ribosomale e di sequenze telomeriche. Ci proponiamo inoltre l'approfondimento dell'analisi citogenetica in A. anguilla. Il cariotipo di questa specie è stato studiato con diverse tecniche di bandeggio, ma la comparazione dei dati dei diversi Autori è resa difficile dall'uso di diversi criteri di classificazione e numerazione dei cromosomi. Per caratterizzare le singole coppie cromosomiche ci proponiamo di utilizzare il bandeggio eucromatico di replicazione precoce e tardiva che nei pesci è il metodo più valido per ottenere una differenziazione trasversale dei cromosomi. I patterns di bandeggio verranno analizzati utilizzando il sistema di cariotipizzazione Cromowin (Amplimedical S.p.A.): di ogni coppia cromosomica verranno misurati l'indice centromerico e la lunghezza relativa e su questa base verrà costruito un ideogramma.
2) La seconda fase riguarderà la ricerca e l'utilizzazione di sonde molecolari per studi comparativi. Dalle piastre metafasiche di A. anguilla, ottenute secondo i protocolli descritti da Schermelleh et al. (1999), verranno isolati singoli cromosomi o parte di essi con la tecnica Laser Microbeam Microdissection (LMM) e lo strumento PALM, disponibile presso l'Istituto di Biologia e Genetica dell'Università Politecnica delle Marche. Sia i singoli cromosomi isolati, sia i frammenti, verranno amplificati con la DOP-PCR (Degenerate Oligonucleotide Primed-PCR) e gli amplificati verranno utilizzati per la costruzione di librerie plasmidiche di cromosomi singoli e di regioni cromosomiche isolate. Si potranno produrre, mediante PCR, sonde cromosoma-specifiche, adatte per analisi di ZOO-FISH. Le sonde ottenute da A. anguilla saranno utilizzate per esperimenti di ZOO-FISH tra A. anguilla e A. rostrata per evidenziare eventuali sintenie e riarrangiamenti cromosomici. Queste sonde verranno inoltre utilizzate su specie appartenenti ai sottordini Congroidei (Conger conger, Ophisurus serpens e Dalophis imberbis) e Muraenoidei (Muraena helena, Gymnothorax unicolor e Gymnothorax tile) con lo scopo di investigare le relazioni filogenetiche tra famiglie. Tutte le tecniche impiegate e le librerie prodotte saranno condivise in tempo reale con le altre unità di ricerca coinvolte nel progetto "Evoluzione del genoma dei pesci ossei".
